La cripta è il piccolo santuario mariano della chiesa per la presenza, al centro, sullo sfondo, di una Madonna con Bambino, opera di Willy Kaufmann. Il quadro è incorniciato da un mosaico dorato dello stesso autore e sovrasta l’altare in parete consacrato dall’Arcivescovo Montini, ora beato Paolo VI.

Il soffitto, a volte in mattoni, è sostenuto da colonne sulle quali, a mosaico grezzo, sono raffigurati gli Apostoli, sempre opera di Willy Kaufmann. Le pareti sono rivestite di marmo giallo di Siena. Il pavimento è in parquet con intarsi marmorei. Due grandi vetrate, sempre del Kaufmann, occupano le fiancate e rappresentano la Crocifissione e le Nozze di Cana.

All’ingresso della cripta due cappelline contengono ceramiche di Angelo Biancini, una che raffigura San Carlo Borromeo che offre la Prima Comunione a San Luigi Gonzaga  e l’altra S. Francesco d’Assisi in preghiera davanti al Crocifisso.

Ancora all’ingresso della cripta si accede al mausoleo della famiglia Bassetti, storici benefattori della chiesa e dell’Aloisianum. Progettato dall’arch. Pietro Palombo, è arricchito da due statue, in marmo bianco di Carrara, rappresentanti la “Fede” e la “Carità”, opere di Francesco Messina.